При этом политик отметил, что у него всегда были идеологические расхождения с Навальным. «Навальный — человек более консервативных взглядов, правоконсервативных взглядов. А я такой левый либерал. Например, я бы не стал участвовать в «Русском марше»… Навальный в них участвовал, мы много спорили из-за этого. Но у него есть свои аргументы, которые я, в принципе, принимаю», — рассказал он.
11 апреля Илья Яшин объявил о выдвижении своей кандидатуры на выборы мэра Москвы, которые пройдут 9 сентября 2018 года. Алексей Навальный на своем сайте отметил, что выдвижение политика — «хорошая новость». Он назвал коллегу «сильным кандидатом, работающим на победу». При этом оппозиционер выразил готовность поддержать любого кандидата, который выиграет праймериз: Илью Яшина, экс-депутата Госдумы Дмитрия Гудкова, депутата муниципального округа Гагаринский Москвы Елену Русакову, председателя московского отделения «Яблоко» Сергея Митрохина или депутата совета депутатов Тимирязевского района Юлию Галямину.
16 мая Яшин в Facebook сообщил, что рядом с метро «Курская» в Москве открылся его предвыборный штаб, где работают 600 волонтеров. «За мной нет олигархов и административного ресурса, меня не двигают кукловоды из администрации президента. Все, что у меня есть, — это поддержка сторонников. Ваше доверие — это весь мой политический капитал», — написал он.
Выборы мэра Москвы пройдут 9 сентября 2018 года. В них собираются участвовать нынешний градоначальник Сергей Собянин, блогер Илья Варламов, экс-депутат Госдумы Дмитрий Гудков и лидер московского отделения партии «Яблоко» Сергей Митрохин.